Mit JSMol lassen sich Moleküle dreidimensional darstellen. Dazu hat der AK aus den zugänglichen Datenbanken etwa 1350 „Stoffdateien“ gesammelt.
Die meisten der im Chemieunterricht vorkommenden chemischen Substanzen können in Form von „Kugeln und Stäbchen“, nur als „Stäbchen“, „gefüllt“, als „Draht“ und in „Orbitaldarstellung“ ausgewählt werden.
Das Programm basiert auf dem Applet Jmol/JSmol (http://sourceforge.net/projects/jsmol, http://wiki.jmol.org/)