Mit dem Chemie-Baukasten kann der Schüler sich an das komplexe Thema der chemischen Bindungen herantasten. Dabei gibt es zum einen den "Baumeister"-Modus und den "Chemiker"-Modus . Der "Baumeister" ist zum experimentieren mit unbekannten Verbindungen gedacht, so dass man schnell erste Erfolge feiern kann. Im "Chemiker"-Modus wird da schon etwas mehr verlangt - beispielsweise eine Einschätzung der Eigenschaften der Verbindung.

Bevor es ans "Bauen" geht muss nachgedacht werden: Welcher Typ von Bindung entsteht zwischen den Elementen? Dr. Atom erklärt die "Goldenen Bau-Regeln".

Der Schüler zieht die Elemente aus der Materialliste auf die Arbeitsfläche und stellt mit der Maus die Bindungen her. Dr. Atom - penibel wie immer - zählt nach, ob auch bei jedem Atom die Oktett-Regel erfüllt ist.

Jetzt geht es darum, Eigenschaften der Verbindung abzuschätzen. Wie hoch ist z.B. die Dipolkraft? Dr. Atom hilft natürlich bei Bedarf weiter.

Um die Vorstellung vom echten räumlichen Aufbau der Schüler zu schärfen, lässt sich das Molekül mit dem Programm Rasmol in 3D darstellen. Meist sogar mit den freien Elektronenpaaren.

Zieht man mehr Atome als unbedingt notwendig, so wird  den Schülern sogar eine Vorstellung vom Aufbau von Ionenverbindungen vermittelt.

Auch der Aufbau von Metallen wird deutlicher, wenn man mehrere Atome in den Arbeitsbereich zieht. Die Bedeutung des Elektronengases wird klar.